1966 yılında ortaokul olarak eğitime başlayan okulun binası 1968 yılında Sabancı Grubu'nun şimdiki okul binasının olduğu yeri Milli Eğitim Bakanlığı'na bağışlamasıyla buraya taşınmıştır. Okul binası 1973 yılında Cumhuriyetin 50. yılında açılması vesilesiyle 50. Yıl adı verilmiştir.
1986 yılında artan öğrenci talebini karşılamak üzere 12 derslikli ek bina Sabancı Vakfı tarafından yaptırılarak kullanım hakkı Milli Eğitim Bakanlığı'na devredilmiştir.
Okul, toplam 15.740 m2 alan üzerinde kurulmuş olup, 9.740 m2 kapalı alana sahiptir.
2000-2001 eğitim-öğretim yılından itibaren yabancı dil ağırlıklı lise programı uygulanmış ve 2013-2014 eğitim-öğretim yılından itibaren de Anadolu Lisesine dönüştürülerek Sabancı 50. Yıl Anadolu Lisesi adını almıştır.